Основними напрямками діяльності Комітету є:
- визначення національних пріоритетів щодо вивчення впливу ПНФ на здоров’я населення;
- організація досліджень з гігієнічного регламентування небезпечних факторів хімічного, біологічного і фізичного походження та розробки сучасних методів їх контролю в об’єктах виробничого середовища та довкілля;
- державна реєстрація небезпечних факторів хімічного та біологічного походження;
- виконання функцій Національного органу з питань обміну інформацією та впровадження в Україні процедури попередньої обґрунтованої згоди (ПОЗ) у міжнародній торгівлі особливо небезпечними речовинами (Роттердамська конвенція);
- акредитація наукових установ та закладів на право проведення робіт з гігієнічного регламентування небезпечних факторів.